En 1576 Barzana estaba de regreso en Lima participando de la Primera Congregación Provincial Peruana en la que se decidió crear la Reducción de Juli. Le encargaron dirigirla y lo hizo aplicando su sentido social de no limitarse a evangelizar, sino también enseñar a los indios a organizar su existencia pues, en su visita anterior al lugar, había comprobado la imprevisión en que vivían, lo que se volvía dramático en años de malas cosechas cuando reinaba el hambre provocando muertes y dispersión de la población. La organización de la Reducción de Juli resultó tan acertada, que se la tomó como modelo básico de reducciones que se crearían después; por ejemplo, las guaraníes.
Contaba cuarenta y siete años cuando enfermó de un mal que prácticamente le impedía caminar; sin embargo, se repuso y retomó su habitual ritmo de incansable actividad. Testigos de su recuperación afirmaban que se debía a su profunda confianza en Dios y a su imbatible buen humor.
En 1579 le asignaron una tarea que debió resultarle una prueba muy amarga: asistir a Túpac Amaru en los días previos a su ejecución convirtiéndolo al cristianismo y ayudándolo a soportar el trance final.
En 1582 volvió a Lima para asistir al III Concilio Limense en el que se acordó publicar libros destinados a catequizadores: artes y vocabularios de lenguas indígenas; manuales de catecismo, sermonarios, datos sobre ritos aborígenes, etc.- Se editaron en la imprenta del Colegio de Lima, Barzana tuvo directa responsabilidad en su edición y fueron los primeros libros impresos en Sudamérica.
